먼저, 냄비에 물과 멥쌀가루, 찹쌀가루를 넣고 약한 불에서 저어가며 묽은 죽을 만듭니다. 끓기 시작하면 약한 불로 줄여 걸쭉하게 끓여내고, 식혀줍니다. 동시에 큰 그릇에 고춧가루와 엿기름 가루, 소금, 메주가루를 섞고, 식힌 찹쌀풀을 넣으며 잘 섞어줍니다. 필요 시 자연 발효액을 넣어줍니다. 섞은 혼합물을 깨끗한 발효 용기에 담고, 표면을 고무장갑이나 깨끗한 천으로 덮어 따뜻한 곳에서 2-3주 동안 자연 발효시킵니다. 발효가 끝나면 체에 걸러 맑은 고추장을 병에 담아 서늘한 곳에서 보관하는 것이 좋습니다.